鼠疫是一种以老鼠跳蚤传播为主的烈性传染疾病，世界历史上曾有数次鼠疫大流行，病死率极高，因鼠疫死亡的人数以千万计，李自成的百万大军也深受其害。
明末，有众多的起义军，唯有李自成成功攻破京城，灭亡明朝。李自成带着百万大军成功入京后，只顾着谋划登基，没有在意军中的异样。关外虎视眈眈的清军攻打京城时，军队的战斗力大不如前，很快就战败。
史料记载，明末的这场鼠疫首先在山西爆发，后波及数省。李自成攻打京城之前，城内的士兵就已有感染鼠疫的，当时医疗条件落后，没办法医治，死亡率很高。而李自成攻打京城时是冬天，由于低温，鼠疫传播的速度没那么快，所以他也没有在意。
开春后，气温回暖，给了鼠疫大肆传播的机会。专家还指出，鼠疫特喜欢人多的地方，于是鼠疫迅速在百万大军中传播。等李自成重视时，已经晚了。
为何清军没有被影响呢？因为清军与汉人的作战方式不同，还有马匹这道天然屏障的保护。满族人在关外一直是游牧为主，生活在马背上，精通射箭。长时间下来，他们擅长在马背上作战，提高了战斗力，也称为骑兵。而汉人一直是以步兵为主，很少有骑兵。恰好传播鼠疫的跳蚤很不喜欢马身上的味道，所以清军才没有感染鼠疫。鼠疫大大削减了李自成军队的作战能力，即使在人数上有优势，但抵不过天灾，清军本就骁勇善战，李自成战败毫无意外，鼠疫在此战中起了重要作用。
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1910年11月，我国哈尔滨也爆发了一次鼠疫，持续了六个多月，波及半个中国。鼠疫由沙俄西伯利亚经满洲里传入哈尔滨。9日早晨，一名中东铁路工人在居住的房屋中因鼠疫死亡，他是三天前从满洲来到哈尔滨的，随后鼠疫在哈尔滨、东北地区迅速蔓延，市内平均每天死亡50人左右。政府立即采取措施防止鼠疫蔓延，拨款设立验疫所，聘请医生进行防疫消毒；呼吁老百姓要打扫好自家卫生，印发大量防疫传单给每家每户。
在伍连德等人的努力下，采取一系列措施，鼠疫才得到控制。1911年4月底，席卷东北三省等地的鼠疫才被完全消灭，这场鼠疫也造成了6万多人死亡。
2019年5月，两名俄罗斯游客疑似死于鼠疫，蒙古迅速采取措施，隔离100多人，其中11人被无限期隔离。医疗较发达的今天，也不能完全治好鼠疫，三百多年前就更不可能了，李自成的失败或许是天意。
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